4 ноября 1966 года во Флоренции случилось страшное наводнение. Тогда уровень воды в реке Арно поднялся на несколько метров, что привело к гибели людей и затоплению зданий, в числе которых оказались многочисленные музеи, библиотеки, галереи. Как и многие другие произведения искусства, пострадавшие от затопления, «Тайная вечеря» (1546) провела под водой около 12 часов.

Более 40 лет полотно держали в запасниках. Реставрация откладывалась из-за сложного состояния картины. «Тайная вечеря» написана на деревянных панелях, от которых после длительного пребывания картины в воде начала отставать краска. Восстановительные работы стартовали только в 2010 году, когда музею Базилики Санта-Кроче, содержавшему работу Вазари, был передан грант в размере $ 400 тысяч от лос-анджелесского фонда Getty. Позже сумму в размере $ 390 тысяч добавил Prada Group.

Как оказалось, работа Вазари сохранилась лучше, чем ожидалось. Несмотря на то, что разбухшее дерево разрушало изображение изнутри, лак, которым было покрыто полотно сверху, способствовал сохранению краски. Теперь восстановленное произведение можно увидеть в музее Базилики Санта-Кроче во Флоренции в рамках постоянной экспозиции.